تحمل مياه الأنهار كثيراً من المبيدات المستخدمة في الزراعة، تختلف المبيدات في تأثيرها على الأحياء في البحار أو غيرها، فمنها ما هو شديد السمية سريع المفعول، مثل: المبيدات الفوسفاتية، ومنها الباراثيون parathion والمالثيون malathion وكثير من مركبات الزرنيخ والزئبق والرصاص. ومنها ذات التأثير التراكمي ويحتاج ظهور أعراض المرض بها إلى تعرض للمبيد على دفعات لعدة سنوات وأهمها الهيدروكربونات المكلورة، ومنها التوكسافين toxaphane والأندرين endrine والـ D.D.T، وغالباً ما تؤدي تلك المبيدات ذات التأثير التراكمي إلى الإصابة بمرض السرطان.

من مآسي المبيدات ما حدث في نهر الراين، الذي يمر في عدة دول من غرب أوروبا، حيث تسرب من صندل بحري مئة كيلوجرامات من مبيد إندوسلفان endosul[han خلال الفترة من 19-24 يونيو سنة 1969، وتسببت في موت قرابة أربعين مليون سمكة.

الصرف الصناعي:
يرجع معظم حالات التلوث الكيميائي لمياه الأنهار إلى نواتج صرف المصانع مباشرة في الأنهار أو بتسربها خلال المسام الأرضية، أو من المنتجات الصناعية المستخدمة منزلياً كالمنظفات الصناعية، أو المستخدمة في أغراض أخرى كنواتج تشحيم وغسيل السيارات.
كثير من الكيماويات التي تصل إلى مياه الأنهار تعجز البكتيريا الموجودة في مياهها عن التعامل معها. قد تكون تلك الكيماويات سامة مثل: أملاح الزئبق، والرصاص، والزرنيخ، والكادميوم، والسيانيدات.

ومن المركبات العضوية الخطرة والتي تنتج عن الصناعة وتصل إلى مياه الشرب كلوريد الفينيل، والذي قد يتسرب أيضاً من شبكة الصرف المصنعة من مركب كلوريد عديد الفينيل والمعروف بالاختصار PVD، وهي من المركبات المسرطنة كما أنها تؤثر على الجهاز العصبي والكبد والرئتين.

أمراض الإنسان الناتجة عن تلوث المياه:
كثيراً ما تصب مياه الصرف الصحي والزراعي والصناعي في المسطحات المائية، وقد تتسرب مياه الصرف خلال مسام الأرض فتصل إلى الماء الجوفي.
من المسطحات المائية والمياه الجوفية نحصل عادة على مياه للشرب، حتى المياه المالحة يمكن تحليتها واستخدامها للشرب. تدخل في المياه السطحية والجوفية مع مياه الصرف المختلفة كثير من الملوثات العضوية وغير العضوية والتي سبق الحديث عن بعضها.